انشأت الحديقة النباتية الرئيسية بمبنى كلية العلوم بمحرم بك مع افتتاح كلية العلوم عام 1942 إيماناً من الجامعة بخطورة رسالة هذه النوعية من الحدائق. ومن لهم الفضل في ذلك, أ.د.عزيز فكرى عميد الكلية ورئيس مجلس قسم النبات. ويرجع إنشاء الحديقة إلى المدرسة العباسية وفى ذلك الوقت كانت ارض ملاعب ثم مع بداية إنشاء الكلية أصبحت حديقة نباتية تتبع جامعة فاروق الأول. وتقع بين N: 31° 11' 19.38'' E: 29° 54' 28.14'' وتقع الحديقة الرئيسية جنوبي مبنى الكلية وتشمل مساحة حوالي2 فدان وهي حديقة ذات مستويين وتحوي مالا يقل عن خمسمائة نوع نباتي تنتمي لمختلف الرتب والفصائل النباتية لتكون في متناول الطالب, بجانب سبعة أفدنة مسطحات مفتوحة. وهى مسجلة دولياً تحت اسم ( Alex). وتخدم الحديقة طلاب كلية العلوم وكلية التربية وطلاب إعدادي الصيدلة وإعدادي طب أسنان وذلك بأن تقدم لهم مادة الدراسة العملية في علوم النبات المختلفة في مورفولوجيا وتشريح وتصنيف النبات من النباتات الزهرية وتلك التي تنتمي إلى رتب الأرشيجونيات وعاريات البذور وبذلك تتاح للطلاب الفرصة للتعرف بل ودراسة هذه المجموعات النباتية وخاصة تلك التي جلبت من بيئات تخالف البيئة المصرية وقد أمكن من خلال وجود أربعة بيوت زجاجية (صوب نباتيه) أن تنجح زراعة الكثير من هذه النباتات الأجنبية في ظروف بيئية ما تقيس فيه في بيئاتها الأصلية . وفي تلك البيوت الزجاجية أمكن أيضاً استزراع العديد من نباتات المناطق الاستوائية. أما في المناطق المفتوحة من الحديقة فتزرع مختلف الأشجار والحوليات الشتوية والصيفية متيحة بذلك فرصة كاملة للطلاب لدراسة تلك النوعيات النباتية المختلفة. ولا يقف نشاط الحديقة النباتية عند التعليم فقط بل يمتد إلى الأبحاث العلمية فتتيح الحديقة للباحثين من أقسام النبات وعلوم الحيوان وعلوم البحار إمكانيات القيام بأبحاثهم استكمالاً لرسالتها في خدمة العلم. في عام 1963 افتتح للحديقة فرع في مبنى الكلية بالشاطبي (نصف فدان) بجانب مسطحات منسقة (2 فدان) ليساعد على إمداد الطلاب في ذلك المبنى بحاجتهم الدراسية من العينات النباتية. وتقوم الحديقة النباتية الرئيسية بإمداد الكلية بحاجتها من الأشجار والشجيرات والحوليات المزهرة وذلك لزراعة المسطحات الخضراء في حديقة مبنى الكلية الجديد في طريق الحرية (خمس أفدنة). وقد أصبحت الحديقة حالياً من أغنى الحدائق العلمية في مصر بما تحويه من النوعيات النباتية المتعددة وهي مسجلة في الإتحاد الدولي للحدائق العلمية وتشارك في الجهد العالمي للحفاظ على النباتات المعرضة للانقراض وقد أتاح هذا اتصالاً وثيقاً بالعديد من حدائق العالم النباتية لتبادل العينات والمعلومات الفنية الهامة. بجانب ذلك نقوم الآن بعمل حصر شامل لكل الأنواع المجودة في الحديقة وإدخال أنواع جديدة أو قد فقدت وكذلك إنشاء بنك للبذور لمعظم الأنواع ومحاولة صون وإكثار الأنواع النادرة وخصوصا الأشجار الوحيدة أو قليلة التواجد في أي أماكن أخرى. وتم عمل موقع للحديقة على الشبكة الدولية وجارى تطويره. ومما يجعل الحديقة ذات أهمية تراثية وبيئية أنها تحوى نباتات من مناطق جغرافية مختلفة: استوائية وشبه استوائية والمعتدلة وبعض الأنواع المصرية والعربية. ويعتبر بعض هذه الأنواع نادراً والبعض الأخر مهدد بالانقراض والتدهور ولذلك, فإن حصرها علمياً و التعريف بها يعد حفاظا على هذا التراث, وهذا بجانب الهدف الأساسي الذي أنشئت من أجله الحديقة وهو تعليم الطلاب والدارسين والباحثين في العلوم الأساسية وممارستها ومشاهداتها عملياً لمعرفة قيمة هذه الثروة الطبيعية والحفاظ عليها وصونها حتى يكون عطاؤها مستمراً. ولذلك, تم جمعها وتصنيفها في كتاب يحتوي علي ما يقرب من 500 نوعٍ نباتي تشمل: التريديات والمخروطيات وعاريات وكاسيات البذور وذلك في أكثر من 540 صفحة مدعمة بالصور الأصلية الملونة, وهو الآن تحت النشر. (أطلس النباتات الملون للحديقة النباتية بكلية العلوم, جامعة الإسكندرية